Водородные бактерии — бактерии, получающие для роста энергию в результате окисления молекулярного водорода и использующие образующуюся при этом энергию для усвоения углерода. Распространены в почве. Окисляют водород, постоянно образующийся при анаэробном разложении различных органических остатков микроорганизмами почвы. Окисление протекает по следующей схеме:

Впервые водородные бактерии были описаны А. Ф. Лебедевым и Г. Казерером в 1906 году, а в 1909 году С. Орла-Йенсен выделил их в самостоятельный род Hydrogenomonas.

Некоторые водородные бактерии: Hydrogenobacter thermophilus, Hydrogenovibrio marinus, Helicobacter pylori.