Выражение отражает древний способ излечивать болезни и раны, вырезая их ножом и прижигая огнём или раскалённым металлом; отсюда возникло изречение древнегреческого врача Гиппократа:

Позднее, у римских поэтов I в. до н. э. (Овидий, Проперций и др.) выражение «огнём и мечом» получило значение: уничтожать неприятеля мечом и пожарами. «Огнём и мечом» — заглавие романа Генрика Сенкевича, в котором изображена борьба украинского казачества с панской Польшой в XVII в.
В дальнейшем же выражение это стало употребляться в значении: безжалостно истреблять, уничтожать вообще что-либо, применяя самые крайние меры насилия.