Флуоресцентная микроскопия — метод получения увеличенного изображения с использованием люминесценции возбуждённых атомов и молекул образца. В флуоресцентном микроскопе образец облучается светом с большей частотой, а изображение получают на другой, меньшей частоте. Излучение образца, соответственно, пропускается через фильтр, отсекающий свет на частоте возбуждения.

Одним из видов флуоресцентной микроскопии является конфокальная микроскопия — метод, позволяющий получать изображения с некоторой глубины в середине образца. Простейший метод, с помощью которого можно исследовать поверхность, называют эпифлуоресцентной микроскопией.