11-05-2023
Thermus aquaticus | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Научная классификация | ||||||||||||||
|
||||||||||||||
Латинское название | ||||||||||||||
Thermus aquaticus Brock et Freeze, 1969 | ||||||||||||||
|
Thermus aquaticus — грамотрицательная палочковидная экстремально термофильная бактерия рода Thermus. Обитает в горячих источниках Йеллоустонского национального парка и других подобных регионах, гейзерах при температурах выше 55 °C. Впервые открыта Томасом Броком (англ. Thomas Brock) и Хадсоном Фризом (англ. Hudson Freeze) в районе Больших Фонтанов (англ. Great Fountain) Йеллоустонского национального парка. Термостабильные ферменты (в особенности термостабильная полимераза TaqPol) используются как инструменты в молекулярно-генетических исследованиях.
Содержание |
Грамотрицательная палочковидная бактерия. Не образует капсул и спор, часть штаммов подвижно и имеют жгутики. На солнечном свету продуцирует разнообразные пигменты [1]. Экстремально-термофильный хемоорганогетеротроф, облигатный аэроб[2], развивается при температуре выше 55 °С(оптимальной является температура 70 °C). Обитает в горячих источниках, гейзерах[2], два штамма были выделены из горячей водопроводной воды[3]
Геном T. aquaticus штамма HB27 представлен хромосомой размером 1894877 п.н. и мегаплазмидой pTT27 размером 232605 п.н. Имеется большое сходство генома T. aquaticus с геномом мезофильного организма Deinococcus radiodurans[4]. Продолжается секвенирование генома T. aquaticus штамма Y51MC23, размер хромосомы составляет 2340768 п.н., хромосома содержит 2570 гена, из которых 2520 кодируют белки, процент % Г+Ц пар составляет 68 %[5]. T, aquaticus штамм NTU103 имеет плазмиду pTA103 размером 1965 п.н., которая реплицируется по типу «катящегося кольца»[6]. T. aquaticus поражается бактериофагом IN93, чей геном представлен двуцепочечной кольцевой молекулой ДНК размером 19603 п.н.[7].
T. aquaticus является экстремально-термофильной бактерией, поэтому ферменты T. aquaticus термостабильны и не инактивируются при повышенных температурах. Некоторые ферменты T. aquaticus (Taq1 рестриктаза и в особенности Taq-полимераза) активно используются в качестве инструментов для молекулярно-генетических исследований[8].
Первоначально не было понятно, как T. aquaticus может выживать в экстремальных температурных условиях, поэтому необходимо было детально изучить ферменты T. aquaticus и как они избегают денатурации при таких повышенных температурах. Одними из первых изученных ферментов T. aquaticus были альдолазы[9].
Первым полимеразным ферментом, выделенным из T. aquaticus была РНК-полимераза (транскриптаза) в 1974 г.[10] Проведены кристаллографические исследования данного фермента[11] и получена рекомбинантная РНК-полимераза, предназначенная для молекулярно-биологических исследований транскрипции[12].
Рестриктаза Taq1 была одним из первых ферментов T. aquaticus, использовавшихся для молекулярно-генетических исследований[13]. Сайт рестрикции — TCGA.
Taq полимераза была впервые выделена в 1976 г.[14]. Преимуществами Taq полимеразы является её способность работать при повышенных температурах (оптимум 72—80 °C) и возможность получать Taq полимеразу в чистом виде. В 1986 г. Кери Маллис (англ. Kary Mullis) решил использовать для изобретённой им в 1983 г. полимеразной цепной реакции (ПЦР) Taq полимеразу ввиду того, что она выдерживала высокую (94—96 °C) температуру, необходимую для денатурации ДНК и не было необходимости вносить новую порцию дорогостоящей ДНК-полимеразы после каждого раунда амплификации. Затем ген Taq полимеразы был клонирован и модифицирован с целью получить высокоэффективный коммерческий продукт[15]. Taq полимераза гомологична ДНК-полимеразе I (pol I) Escherichia coli[16]. Taq полимераза также ограниченно используется в секвенировании ДНК[17], но ввиду большого количества ошибок[18] (из-за отсутствия 3'-5' экзонуклеазной активности) в секвенировании и точных анализах чаще используется Pfu полимераза из археи Pyrococcus furiosus[19] (хотя полимераза AmpliTaqR имеет преимущество перед Pfu полимеразой в виде более высокой процессивности[20]).
T. aquaticus является источником термостабильных ферментов, используемых в молекулярной биологии (Taq1-рестриктаза, РНК-полимераза, Taq полимераза). Секвенирование генома T. aquaticus может помочь в помощи других необходимых для биотехнологии ферментов (протеаз[21], амиломальтазы[22], НАД оксидаз[23]).
Это заготовка статьи по бактериологии. Вы можете помочь проекту, исправив и дополнив её. |
Thermus aquaticus.